По постановлению Совета Народных Комиссаров СССР от 22 мая 1943 года в Ярославле начал работу эвакуированный из Белоруссии медицинский институт, сформированный на базе Минского и Витебского медицинских институтов. Директором института был назначен профессор Минского медицинского института З.К. Могилевчик.

Летом 1944 года правительство приняло решение о реэвакуации Белорусского медицинского института.

В Ярославле распоряжением Совета Народных Комиссаров от 15 августа 1944 года открывался новый вуз - Ярославский медицинский институт.

К 1954 году, за первые десять лет работы, институт подготовил около 2 тыс. врачей.

С 1963 году в институте открыт Совет по присуждению ученой степени кандидата медицинских наук.

В 1994 году Ярославский государственный медицинский институт переименован в Ярославскую государственную медицинскую академию (ЯГМА).

В 2014 году состоялось присвоение академии статуса Ярославского государственного медицинского университета